Οι ομάδες εργασίας απαρτίζονται από μέλη της ΕΕΤΙ. Καταρτίζονται με βάση το κοινό ειδικό ενδιαφέρον των μελών για συγκεκριμένο τομέα της ταξιδιωτικής ιατρικής (π,χ, υγεία των μεταναστών) και στελεχώνονται από τους ενδιαφερόμενους με την έγκριση του ΔΣ.

Το έργο τους προγραμματίζεται και εποπτεύεται από τριμελές Συμβούλιο που ορίζεται μετά από εκλογές (με επιστολή ή ηλεκτρονικά) μεταξύ των μελών.

Σκοπός των ομάδων εργασίας είναι, η προαγωγή της παροχής αρτιότερων υπηρεσιών σε ειδικούς τομείς, σε συνεργασία με το Δημόσιο και τους συνεργαζόμενους κρατικούς ή μη κοινωνικούς και υγειονομικούς φορείς. Η λειτουργία τους καθορίζεται από κατευθυντήριες οδηγίες του ΔΣ.

Οι ομάδες εργασίας υποχρεούνται να συνέρχονται σε συνάντηση ή ηλεκτρονική τηλεδιάσκεψη δύο φορές το χρόνο. Το έργο τους δημοσιοποιείται στην ιστοσελίδα της ΕΕΤΙ.

Το ΔΣ έχει την δικαιοδοσία της διατήρησης ή όχι των ομάδων εργασίας, με βάση την τήρηση των κατευθυντηρίων γραμμών.

Κάθε μέλος της ΕΕΤΙ μπορεί να είναι ταυτόχρονα μέλος μόνιμης επιτροπής και μέλος ομάδας εργασίας. Φόρμα αίτησης για συμμετοχή στις Επιτροπές και τις Ομάδες Εργασίας και οι κατευθυντήριες οδηγίες για τη λειτουργία τους βρίσκονται στις υπηρεσίες μελών.